ศึกษาผลการใช้โปรแกรม ArgusLab เพื่อจำลองการจับกันของสารมีฤทธิ์ต้านการอักเสบจากสมนุไพรกับเอนไซม์ COX-2
Keywords:
การจำลองการจับกัน, ไซโคออกซิจิเนส-2, โปรแกรมอากัสแลป, สมุนไพรAbstract
การวิจัยนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อ 1) ศึกษาการใช้โปรแกรม ArgusLab เพื่อจำลองการจับกัน(Molecular docking) ของสารจากพืชสมุนไพร Ligusticum chuanxiong, Notopterygium incisum, Salvia miltiorrhiza, Boswellia carterii, Gentiana macrophylla กับเอนไซม์ Cyclooxygenase-2 (Cox-2) และ 2) เพื่ออธิบายผลจากการใช้โปรแกรม ArgusLab จำลองการจับกัน (Molecular docking) ของสารจากพืชสมุนไพร กับเอนไซม์ COX-2 โดยผลจากการ
จำลองของการจับกันโดยโปรแกรม ArgusLab จะแสดงด้วยค่า Binding energy ผลการศึกษาบ่งชี้ว่า มีสารสกัดจากพืชสมุนไพรดังกล่าว 6 ชนิดที่มีฤทธิ์จัดอยู่ในกลุ่มที่เป็น Selective COX-2 inhibitor ค่อนข้างชัดเจน ได้แก่ Senkyunolide O, Roburic acid, Cryptotanshinone, Phenethyl-trans-ferulate, Acetyl- -boswellic acid และ Acetyl-11-keto-
-boswellic acid โดยมีค่า Binding energy เท่ากับ -13.68, -13.73, -11.84, -11.16, -7.97 และ -7.81 กิโลแคลลอรี่/โมล ตามลำดับ นำผลที่ได้มาศึกษาความสัมพันธ์ระหว่าง Binding energy ซึ่งได้ผลจากการใช้โปรแกรม ArgusLab กับ IC50 ของสาร (Ligand) ทั้ง 6 ชนิด ในเชิงเส้นตรง โดยมีค่าสัมประสิทธิ์สหสัมพันธ์ (r) เท่ากับ 0.986276 ซึ่งเป็นค่าที่ดี แสดงว่าการใช้โปรแกรม ArgusLab เพื่อทำการจำลองการจับกันของสารกับเอนไซม์ สอดคล้องกับผลการยับยั้งเอนไซม์ cox-2
References
Cao, H., Yu, R., Choi, Y., Ma, Z.Z., Zhang, H., Xiang, W., Lee, DY.-W., Berman, B.M., Moudgil, K.D., Fong, H.H.S., and van Breemen, R.B., (2010). Discovery of cyclooxygenase inhibitors from medicinal plants used to treat inflammation. Pharmacal Research 61(6): 519-524.
Morris, G.M., Goodsell, D.S., Halliday, R.S., Huey, R., Hart, W.E., Belew, R.K., Olson, A.J. (1998). Automated docking using Lamarckian genetic algorithm and empirical binding energy function. Journal of Computational Chemistry, 19: 1639-1662.
Morris, G.M., Lim-Wilby, M. (2008). Molecular docking. Methods in Molecular Biology, 443: 365-382.
Thompson MA. (2004). Molecular docking using arguslab, an efficient shape-based search algorithm and the ascore scoring function. Philadelphia: ACS Meeting CINF. 42, PA. (172).
Downloads
Published
How to Cite
Issue
Section
License
Copyright (c) 2018 Muban Chombueng Rajabhat University Research Journal (Humanities and Social Science)

This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.
Journal of TCI is Licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International (CC BY-NC-ND 4.0) licence, unless otherwise stated, Please read our Policies page for more information on Open Access, copyright and permissions.