ศึกษาผลการใช้โปรแกรม ArgusLab เพื่อจำลองการจับกันของสารมีฤทธิ์ต้านการอักเสบจากสมนุไพรกับเอนไซม์ COX-2
คำสำคัญ:
การจำลองการจับกัน, ไซโคออกซิจิเนส-2, โปรแกรมอากัสแลป, สมุนไพรบทคัดย่อ
การวิจัยนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อ 1) ศึกษาการใช้โปรแกรม ArgusLab เพื่อจำลองการจับกัน(Molecular docking) ของสารจากพืชสมุนไพร Ligusticum chuanxiong, Notopterygium incisum, Salvia miltiorrhiza, Boswellia carterii, Gentiana macrophylla กับเอนไซม์ Cyclooxygenase-2 (Cox-2) และ 2) เพื่ออธิบายผลจากการใช้โปรแกรม ArgusLab จำลองการจับกัน (Molecular docking) ของสารจากพืชสมุนไพร กับเอนไซม์ COX-2 โดยผลจากการ
จำลองของการจับกันโดยโปรแกรม ArgusLab จะแสดงด้วยค่า Binding energy ผลการศึกษาบ่งชี้ว่า มีสารสกัดจากพืชสมุนไพรดังกล่าว 6 ชนิดที่มีฤทธิ์จัดอยู่ในกลุ่มที่เป็น Selective COX-2 inhibitor ค่อนข้างชัดเจน ได้แก่ Senkyunolide O, Roburic acid, Cryptotanshinone, Phenethyl-trans-ferulate, Acetyl- -boswellic acid และ Acetyl-11-keto-
-boswellic acid โดยมีค่า Binding energy เท่ากับ -13.68, -13.73, -11.84, -11.16, -7.97 และ -7.81 กิโลแคลลอรี่/โมล ตามลำดับ นำผลที่ได้มาศึกษาความสัมพันธ์ระหว่าง Binding energy ซึ่งได้ผลจากการใช้โปรแกรม ArgusLab กับ IC50 ของสาร (Ligand) ทั้ง 6 ชนิด ในเชิงเส้นตรง โดยมีค่าสัมประสิทธิ์สหสัมพันธ์ (r) เท่ากับ 0.986276 ซึ่งเป็นค่าที่ดี แสดงว่าการใช้โปรแกรม ArgusLab เพื่อทำการจำลองการจับกันของสารกับเอนไซม์ สอดคล้องกับผลการยับยั้งเอนไซม์ cox-2
เอกสารอ้างอิง
Cao, H., Yu, R., Choi, Y., Ma, Z.Z., Zhang, H., Xiang, W., Lee, DY.-W., Berman, B.M., Moudgil, K.D., Fong, H.H.S., and van Breemen, R.B., (2010). Discovery of cyclooxygenase inhibitors from medicinal plants used to treat inflammation. Pharmacal Research 61(6): 519-524.
Morris, G.M., Goodsell, D.S., Halliday, R.S., Huey, R., Hart, W.E., Belew, R.K., Olson, A.J. (1998). Automated docking using Lamarckian genetic algorithm and empirical binding energy function. Journal of Computational Chemistry, 19: 1639-1662.
Morris, G.M., Lim-Wilby, M. (2008). Molecular docking. Methods in Molecular Biology, 443: 365-382.
Thompson MA. (2004). Molecular docking using arguslab, an efficient shape-based search algorithm and the ascore scoring function. Philadelphia: ACS Meeting CINF. 42, PA. (172).
ดาวน์โหลด
เผยแพร่แล้ว
รูปแบบการอ้างอิง
ฉบับ
ประเภทบทความ
สัญญาอนุญาต
ลิขสิทธิ์ (c) 2018 วารสารวิจัยมหาวิทยาลัยราชภัฏหมู่บ้านจอมบึง สาขามนุษยศาสตร์และสังคมศาสตร์
อนุญาตภายใต้เงื่อนไข Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.
วารสาร TCI อยู่ภายใต้การอนุญาต Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International (CC BY-NC-ND 4.0) เว้นแต่จะรุบุไว้เป็นอย่างอื่นโปรดอ่านหน้านโยบายของเราสำหรับข้อมูลเพิ่มเติมเกี่ยวกับการเช้าถึงแบบเปิด ลิขสิทธิ์ และการอนุญาต
